Hürriyet gazetesi yazarı Sedat Ergin, ‘Türkiye’deki Sars-COV-2 Genomlarının Filogenetik (Soyağacı) Analizi’ verilerini bugünkü köşesine taşıdı. Ergin, "Araştırmanın kayda değer sonuçlardan biri, virüsün Türkiye’ye, ilk ‘pozitif’ Covid-19 vakasının 10 Mart tarihinde tespit edilmesinden çok daha önce geldiği sonucuna varılmasıdır." görüşünü belirtti.
Sabancı Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi öğretim üyesi Dr. Ogün Adebali’nin başkanlığında 7 araştırmacının imza attıkları ve TÜBİTAK’ın ‘Turkish Journal of Biology’ dergisi tarafından yayına kabul edilen bu çalışma ‘Türkiye’deki Sars-COV-2 Genomlarının Filogenetik (Soyağacı) Analizi’ başlığını taşıyor.
Ergin yazısında, "Dr. Adebali ve arkadaşları, bu çalışmada önce geçen mayıs ayı başında dünyanın dört bir tarafındaki laboratuvarlarda tespit edilmiş olan virüsün genom dizilimlerinin paylaşıldığı küresel GISAID veri tabanında kayıtlı 15 bin 277 diziyi alarak çeşitli hesaplamalı araçlar üzerinden virüsün bir soyağacını oluşturmuşlar. Genom, virüsün genetik materyalinin tümünü anlatan bir sözcük." bilgisini paylaştı.
Ergin, "Soyağacı, virüsün geçen aralık ayında Çin Halk Cumhuriyeti’nin Vuhan şehrinde baş gösterdikten sonra uğradığı mutasyonlarla ortaya çıkan farklı genom dizileri üzerinden küresel ölçekte gelişip büyümesini yansıtıyor. Bu çalışmada benzeşik genom dizileri, ağacın gövdesinden çıkan dallarda olduğu gibi, ana kümeler ve onlardan türeyen alt kümeler şeklinde tasnif edilmiş. Çalışmanın ikinci aşamasında salgının patlak vermesinden sonra büyük çoğunluğu Sağlık Bakanlığı’na ait laboratuvarlarda izole edilen ve her biri farklı bir genom dizilimine sahip 30 ayrı örnek alınmış. Bu örnekler ağırlıklı olarak salgının en şiddetli yaşandığı mart ayının üçüncü haftasında tespit edilmiş. Soyağacı çalışması yapılırken bakanlığın GISAID’de erişime açtığı dizi sayısının 26 ile sınırlı olduğu anlaşılıyor. Diğer dört dizi bakanlık dışı kaynaklardan sağlanmış." ifadesini kullandı.
Ergin yazısında şunları kaydetti:
Bu örneklerdeki genom dizilerinin virüsün küresel ölçekteki genetik soyağacının gövdesi ve bu gövdeden çıkan dallarının (küme ve alt kümeler) hangi bölümlerine oturduğu incelenmiş. Bu şekilde Türkiye’ye giren virüs örneklerinin hangi kaynaklardan geldiği saptanmış.
Araştırmanın kayda değer sonuçlardan biri, virüsün Türkiye’ye, ilk ‘pozitif’ COVID-19 vakasının 10 Mart tarihinde tespit edilmesinden çok daha önce geldiği sonucuna varılmasıdır.
Türkiye’de laboratuvar ortamında kayda alınan (EPI-ISL-428718) genomunun soyağacı incelemesinde köken itibarıyla virüsün Çin’de ilk ortaya çıktığı dönemdeki bir alt kümeye ait olduğu anlaşılmış. Çünkü genomun filogenetik pozisyonu soyağacının köküne yakın bir noktaya işaret ediyor. Buradan hareketle, virüsün atası konumundaki bir genom dizisinin Türkiye’deki varlığı COVID-19’un ülkeye erken bir aşamada geldiğinin işareti olarak kabul ediliyor.
Çalışmanın önemli sonuçlarından biri de şu: Soyağacındaki genom dizileri dört ana kümeye ayrılıyor. Türkiye’de saptanan genom örneklerine bu kümelerden üçünde de rastlanıyor. Araştırma, böylelikle Türkiye’deki genomların virüsün soyağacının geniş bir alanına dağılmış olduğu tespitini yapıyor. Türkiye’deki örnekler en çok dördüncü kümede yer alıyor. İlginçtir ki, İran, Fransa ve Danimarka da bu kümede kuvvetli görünüyorlar.
Yazının devamı için tıklayın
