Genelkurmay Başkanlığı, internet sitesinden Ergenekon soruşturmasıyla ilgili çok sert açıklamalarda bulundu. İşte o açıklamalar:
1. Haftalık bir derginin 31 Temmuz 2008 tarihli nüshasında "Karargah Evleri Tek Değil" başlığı altında, bazı muvazzaf Türk Silahlı Kuvvetleri mensuplarının isimleri yazılmış ve bunların gündemdeki soruşturma ile irtibatlı oldukları iddia edilerek adı geçen personel hakkında adeta mahkumiyet hükmü verilmiştir. 2. Dergide ayrıca, söz konusu muvazzaf personel kimliklerinin İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığınca 09 Temmuz 2008 tarihinde Genelkurmay Başkanlığına bildirildiği ifade edilmektedir. Konu hakkında yapılan incelemede; a. Anılan personel kimliklerinin, Deniz Kuvvetleri Komutanlığında görevli olduğunu beyan eden Serdar CEM isimli bir şahıs tarafından iki sayfalık bir ihbar mektubu ve 1 adet CD ile İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildiği, b. Ancak Deniz Kuvvetleri Komutanlığında halen görevde veya emekli statüsünde Serdar CEM isimli bir şahsın bulunmadığı, c. Soruşturma kapsamında Genelkurmay Başkanlığına gönderilen belgelerden çoğunun, Türk Silahlı Kuvvetlerinin yazışma usulleri taklit edilerek veya bilgisayar teknikleri ile kurgulanarak oluşturulduğu belirlenmiştir. 3. Diğer taraftan, yapılan adli soruşturmalarda, kendilerine rütbeli şahıs görüntüsü veren veya kendilerini Türk Silahlı Kuvvetleri ile irtibatlı olarak tanıtan kişilerin, yasa dışı yollarla menfaat temin etmeye çalıştıkları görülmektedir. Ayrıca, bazı şahısların kendilerine sahte askeri kimlik kartı düzenledikleri tespit edilmiştir. 4. Şahsi çıkar sağlamak veya Türk Silahlı Kuvvetlerini yıpratmak maksadıyla, sahte isim ve imzalarla gönderilen ihbar mektuplarına istinaden Türk Silahlı Kuvvetleri personeli veya üst düzey komutanlarının karalanmaya çalışılması, suç olduğu kadar ahlak dışı bir eylemdir. 5. Öte yandan, Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 157'nci maddesinin amir hükmüne rağmen, soruşturma konusu tüm gizli bilgi ve belgelerin, özellikle Türk Silahlı Kuvvetlerini karalamaya yönelik yayın politikası izleyen basın yayın kuruluşlarına sızdırılmasının ardındaki gerçek maksat, aziz milletimiz tarafından çok iyi bilinmektedir. Soruşturma kapsamındaki bilgi ve belgelerin bazı basın yayın organlarına sızdırılması, bunların kitaplar halinde piyasada yayımlanması ve böylece ticari bir sektör yaratılmış olması son derece vahim ve düşündürücüdür. 6. Malum çevrelerce her olay, kanun ve hukuk tanımaz bir şekilde ve insafsızca Türk Silahlı Kuvvetleri ile ilişkilendirilmeye çalışılmakta; temel insan hakları, anayasal teminatlar, "masuniyet karinesi", "adil yargılanma hakkı" gibi en temel hukuk ilkeleri pervasızca ihlal edilmektedir. Mevcut gizlilik ve yayın yasağına ilişkin mahkeme kararları ile ülkenin kanunlarından bu denli sarfı nazar edilmesi, hukuk devleti ve haberleşme özgürlüğü ile açıklanabilecek bir durum değildir. Haklarında yeterli ve etkili bir şekilde işlem yapılmaması veya yapılan işlemlerin caydırıcı olmaması, bu çevreleri maalesef daha da cesaretlendirmektedir. 7. Bu tür sahtekarlıklar ile maksatlı ve gerçek dışı söylemler bilgi kirliliğine yol açtığından, gerektiğinde Genelkurmay Başkanlığınca kamuoyunun aydınlatılmasına devam edilecektir. Kamuoyuna saygı ile duyurulur.
GENELKURMAY'IN YALANLADIĞI İDDİALAR NEYDİ? Genelkurmay Başkanlığı'nın açıklamasında yalanladığı iddialar, Aktüel Dergisi'nin son sayısındaki "Karargah Evleri tek değil" başlıklı haberdeki iddialara dayanıyor. Derginin haberine göre, "MİT Karargah Evleri oluşumunu tespit etti. İşçi Partisi lideri Doğu Perinçek iddiaya göre bu oluşumla irtibatlı. Ancak örgütün TSK'ya sızma girişimi sadece bununla sınırlı değil. Ankara'da yakalanan Kemal Aydın ve görevdeki dört paşa hakkında da iddialar var."
Yine derginin haberinde yer alan iddialara göre; "Ergenekon Operasyonu kapsamındaki asıl bomba, soruşturmayı yürüten savcılığın 9 Temmuz'da Genelkurmay Başkanlığı'na gönderdiği listede gizli. Bu listede Ergenekon Operasyonu'na adı karışan dört general/amiral ile bir albayın adı var." | 
