Terör örgütü denilen 2. İddianameye göre Ergenekon'un fikri ve ideolojik eğitmini 5 isim veriyordu. O isimler iddianamede şöyle sıralanıyor.
"Şüpheli Kemal AYDIN ve Neriman AYDIN’ın Durmuş Ali ÖZOĞLU’na bağlı olarak, Hamza DEMİR ve Ercüment OVALI’nın da yardımıyla Türk Silahlı Kuvvetleri ve Harp Okullarına sızma, örgütlenme ve elaman kazanma faaliyetleriyle doğrudan yönettikleri, Harp Okullarına muhtemelen önceden yerleştirdikleri elemanlar vasıtasıyla, irtibata geçtikleri askeri öğrencileri kendi evlerine veya bu amaçla kiraladıkları evlere getirdikleri, burada evlere gelen öğrencilere ERGENEKON TERÖR ÖRGÜTÜNÜN fikri ve ideolojik eğitimini verdikleri, bu öğrencilerin değişik zamanlarda işlemiş oldukları suçların ve disiplin suçlarının kaldırılmasına yönelik her türlü işlemi de takip ettikleri, bu amaçla oluşturdukları grubun başına teğmen olarak görev yapan Mehmet Ali ÇELEBİ ve Noyan ÇALIKUŞU’nu görevlendirdikleri, bu şüphelilerin kendi arkadaşlarını da örgüte kazandırmak amacıyla Kemal AYDIN ve Neriman AYDIN’ın yanına getirdikleri ve şüphelilerin yanında, Hasan Hüseyin UÇAR, Eren MUMCU, Yaşar TOZKOPARAN, Önder KOÇ’un kademeli olarak Kemal AYDIN ve Neriman AYDIN’la tanıştırılıp, daha sonra örgüte ait gizli toplantılara katıldıkları, bu şüpheliler tarafından askeri yapının içine dahil edilen teğmen ve harp okulu öğrencilerini havacılık, pilotluk, özel kuvvetler gibi birimlere yönlendirdikleri, askeri yapılanma içinde yer alan örgüt üyeleri arasında yapılan telefon görüşmelerinin dinlememesi ve örgütün deşifre olmaması için şüpheli Mehmet Ali ÇELEBİ tarafından temin edilen ÖZEL HAT tabir edilen telefon hatlarını kullandıkları, şüpheli Mehmet Ali ÇELEBİnin Kemal AYDIN’la olan irtibatlarından rahatsız olan ailesinin ikazlarına rağmen bu kişi ile ilişkilerini devam ettirerek, tutuklanan Kemal AYDIN’ı kurtarmaya yönelik girişimlerde bulunduğu, şüpheli Doğukan YORULMAZ’ın askeri okuldan atılmasına rağmen örgütsel faaliyetlerine örgütün talimatları ile okuduğu üniversitede örgütsel faaliyetlerine devam ettiği anlaşılmıştır."