Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan Balbay’ın bir komutana 28 Şubat kıyaslaması yaparak “Bu kez atılacak adım sonuç alıcı olmalı” dediği öne sürüldü.
Ergenekon iddianamesinin ek klasörlerinden birinde Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay’ın, Kara Kuvvetleri Komutanlığı Kurmay Başkanı Orgeneral Necdet Timur'a "28 Şubat devam ediyor deniyor ama... Bence irtica o günlerden daha fazla mesafe aldı. 28 Şubat benzeri durum diyorsunuz, ancak bu kez atılacak adım sonuç alıcı olmalı" dediği öne sürüldü. 15 Ocak 2000'de komutanlarla yenilen bir öğle yemeğinde ise emekli Org. Doğu Aktulga, Kara Kuvvetleri Komutanı Atilla Ateş'e, "Komutanım bu iş sopayla olur, demeçle olacak şey değil" dedi.
31 Ekim 1999 Pazar günü KKK'da gerçekleşen yemekte emekli Orgeneral Doğu Aktulga, Balbay'ın bu cevabı üzerine, "Ben de onu diyorum. Bence de. Zaten 28 Şubat yeterince ileri gitmedi" diyor. Genelkurmay Başkanı Hüseyin Kıvrıkoğlu'nun, irtica konusunda yeteri kadar sert olmadığını düşünen Balbay, "Laiklik konusunda ödün verileceğini düşünmüyoruz, ama Genelkurmay'ın takındığı yeni durum, karşı tarafı cesaretlendiriyor olmasın" diyor. Zaman gazetesinin haberine göre sorunların eninde sonunda ordu tarafından çözüleceğini ifade eden Orgeneral Doğu Aktulga, Atatürkçü Düşünce Derneği'ne (ADD) gireceğini söylüyor. "ADD falan tamam da bu CHP ayağa kaldırılmalı" diyen Orgeneral Necdet Timur ise medyanın yardım etmesi gerektiğini bildiriyor. Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi, Toktamış Ateş, Oral Çalışlar ve Aydın Engin gibi yazarlarının kaleme aldığı asker karşıtı yazıları için komutanlara açıklama yapıyor.
'Demeçle olmaz, sopayla olur'
Mustafa Balbay'ın günlüklerinde dikkat çeken bir diğer bölüm ise 15 Ocak 2000 Salı günü komutanlarla yenilen öğle yemeğine ait. Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Atilla Ateş, Kurmay Başkanı Orgeneral Necdet Timur, emekli Orgeneral Doğu Aktulga'yla gerçekleşen yemekte öncelikle komutanlar gündemi özetliyor. Balbay daha sonra yemekte bulunan komutanlara, "Her şey daha kötüye giderse, toplumun öteki kesimlerinde de beklenen canlanma olmazsa, Silahlı Kuvvetler ne yapar?" sorusunu yöneltiyor. Atilla Ateş bu soruya 'Gereken neyse o yapılır.' cevabını veriyor. Bu cevap üzerine araya giren Doğu Aktulga, "Komutanım bu iş sopayla olur, öteki yollar boşuna. Bu Fazilet komutanım, hemen kapatılması gereken bir parti" diye konuşuyor. Yaptığı konuşmalara basında yeterince yer verilmediğinden şikâyet eden Atilla Ateş'e Aktulga, "Komutanım, bu demeçle olacak şey değil, sopayla." diye konuşuyor.
