Eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral İlker Başbuğ, Ergenekon davası kapsamında "Silahlı terör örgütü yöneticiliği ve hükümeti ortadan kaldırmaya teşebbüs suçlamasıyla bir yıldır tutuklu bulunduğu cezaevinden mektup yazdı. Başbuğ, mektubunda, "Türk ordusuna komuta etmiş birisinin, arkadaşlarıyla birlikte, 'terör örgütü kurmak ve yönetmek' suçlanmasının utanç verici ağırlığını, Türk milleti adına yargılama yetkisine sahip yargı erki daha ne kadar taşımaya devam edecektir? Yargı erkinin yetkili ve sorumlu makamları bu ciddi durumu sorgulamayacaklar mıdır?" diye sordu.
İlker Başbuğ, Hürriyet gazetesine gönderdiği mektupta şu ifadeleri kullandı:
Dünyanın hiçbir ülkesinde hem ülkenin Silahlı Kuvvetlerinin Komutanı hem de bir silahlı terör örgütünün yöneticisi olan Genelkurmay Başkanı görülmemiştir. Ancak, bu utanç verici ayıp 6 Ocak 2012 günü Türkiye’de yaşanmıştır. Türkiye’nin 26’ncı Genelkurmay Başkanı terör örgütü kurmak ve yönetmek suçlamasıyla tutuklanmıştır. Türkiye’de yaşanan bu durumu demokrasinin bir zaferi olarak değerlendiren cahiller, aslında bu suçlamanın siyaseten devletimize de yöneltilen son derece ağır ve haksız bir itham olduğunu bile anlayamamışlardır.
Türkiye’de neler olmuştur? Maalesef Mahkeme Genelkurmay Başkanı’nı sanık, terör örgütünün bir liderini ise tanık sandalyesine oturtma başarısını da göstermiştir. Türk ordusuna komuta etmiş birisinin, arkadaşlarıyla birlikte, 'terör örgütü kurmak ve yönetmek' suçlanmasının utanç verici ağırlığını, Türk milleti adına yargılama yetkisine sahip yargı erki daha ne kadar taşımaya devam edecektir? Yargı erkinin yetkili ve sorumlu makamları bu ciddi durumu sorgulamayacaklar mıdır?
Tarafımızdan söylenenlere kulaklarını tıkayanlara, son bir sözümüz olacaktır: Sayın Başbakan, 5 Ağustos 2012 günü yaptığı bir konuşmada şunları söylemiştir: 'Başbuğ Paşamız'ın döneminde de biz çalışmalarımızı gayet başarılı şekilde yürüttük.' Sayın Başbakan’ın bu sözlerine karşılık, iddia makamının hükümetin görevini yapmasına engellemeye teşebbüs edildiğini ileri sürmesi ve bu iddianın da kabul görmesi ne büyük bir çelişkidir? İddia makamı ve mahkeme halen bulunduğu noktada durmaya ısrar edecek midir? Sayın Başbakan, tanıklığı talep edilen bir kişi olmasının dışında, iddialara göre mağdur durumda bulunan Hükümetin de başıdır. Dolayısıyla, Mahkeme ‘bu sözler bizleri bağlamaz’ deme lüksüne sahip değildir.
Silivri’de bugüne kadar yaşananlara bakılınca, burada adil yargılamaların yapıldığını ve bu yargılamalardan da adil sonuçlar çıkabileceğini söylemek mümkün değildir. Adil yargılamanın gerçekleştirilmesinden sorumlu olanlar daha neyi beklemektedirler? İnsanların daha fazla eziyet görmelerini mi? Bu durum, Türkiye’ye yakışmamaktadır.
Ayrıca bugün, sivil-asker ayrımı yapmadan ve bütün askerleri potansiyel birer suçlu olarak görmeden, gerçekleri açıkça savunabilecek Emile Zola’ların sayıca giderek artması da en büyük dileğimizdir. Aslında, 26’ncı Genelkurmay Başkanı’nın ‘bir büyük suçu’ vardır. İki Barış’lar yazdıkları kitapta, bu ‘suçu’ şöyle tanımlamışlardır: 'İlker Başbuğ hayalleri olan, ancak yanlış zamanda dünyaya geldiği aşikâr olan bir Genelkurmay Başkanı’dır.'"