Kamuoyunda yoğun tartışmalara neden olan Balyoz davası kararları, başta Deniz Kuvvetleri Komutanlığı olmak üzere Türk Silahlı Kuvvetleri’nin tüm kuvvetlerinin yanı sıra NATO ve yurtdışındaki temsilini de olumsuz etkiledi.
Balyoz’da tutuksuz yargılanan İzmir’deki NATO Üssü Hava Unsur Komutanlığı Kurmay Başkanı Tümgeneral Atilla Özer, 18 yıl ceza aldı. Özer, 30 Ağustos’ta zeybek oynamasıyla tanınmıştı. Brüksel’deki NATO Karargâhı’nda Uluslararası Askeri Karargâh Lojistik ve Kaynaklar Başkan Yardımcısı iken tutuklanan Tuğgeneral Hakan Akkoç, 16 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Tuğgeneral Akkoç’un tutukluğu uzun sürdüğü için Türkiye’nin NATO’nun bu biriminde askeri diplomatik temsil hakkı düşmüştü. Akkoç, 30 Ağustos’taki son Yüksek Askeri Şûra’da İstanbul’da 23’üncü Motorlu Piyade Tümen Komutanlığı yardımcılığına getirilmişti.
Başbakan Tayyip Erdoğan da karar öncesi tutuklamaları eleştirirken, Akkoç için, “NATO’daki görevini bırakıp gelip teslim oldu. Bu inceliktir” demişti. Brüksel’deki NATO Karargâhı’nda görev yapan ve Balyoz’da tutuksuz yargılanan bir diğer Türk subayı olan Tuğgeneral Suat Dönmez de 13 yıl 4 ay hapis cezası aldı. NATO Karargâhı’nda görevliyken Balyoz’da tutuksuz yargılanan Deniz Kurmay Albay Mehmet Cem Kızıl da 13 yıl 4 ay hapis cezasına çarptırıldı. Deniz Kurmay Albay Enver Aksoy, yurtdışında görev yaparken, Balyoz’da tutuksuz yargılanan ancak 13 yıl 4 ay hapis cezasına çarptırılarak hakkında tutuklama kararı çıkarılan bir başka isim oldu. Aksoy, askeri ataşe olarak Türk Silahlı Kuvvetleri’ni Atina’da temsil ediyordu. KKTC’deki 49’uncu Piyade Alay Komutanı Piyade Kurmay Albay Levent Ersöz de Balyoz’dan aynı cezayı aldı.