2. İddianamede varlığı öne sürülen Ergenekon'un AKP ve MHP'yi bölmeye çalıştığı ileri sürülüyor. Bu görev Turhan Çömez'e verilmiş. İddianamenin ilgili bölümünde şu ifadeler yer alıyor:
"Şüpheli Turan ÇÖMEZ’in örgütün amacı doğrultusunda, ERGENEKON'un siyasi partileri bölüp parçalama veya farklı partilerin tek merkezden yönetilmesi amacı kapsamında özellikle kapatma davası sürecinde şüpheli Ferda PAKSÜT ile irtibata geçerek ondan aldığı gizli ve stratejik bilgileri, örgütün yöneticilerine ulaştırarak kamuoyunu yönlendirmeye çalıştıkları, aynı zamanda örgütün stratejisine uygun olarak partiyi bölüp etkisiz ve yürütme yetkisini kullanamayacak hale getirmeye hedefledikleri,
Şüpheli Emin ŞİRİN’in, ERGENEKON'un siyasi partileri bölüp parçalama veya farklı partilerin tek merkezden yönetilmesi faaliyetlerine, milletvekili olduğu dönemde ve görevi sona erdikten sonrada devam ettiği belirlenmiştir."