Yeni düzenleme yargı camiasında büyük rahatsızlık yarattı. 12 Ekim 1998 yılında 9. Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel’in onayından geçen protokol listesinde, 14 Aralık 2005’te "Değişiklik", 8 Mayıs 2008’de de "düzeltme" yapıldı. Yeni protokol listesinde, yargı mensuplarının alt sıralarda kalması dikkat çekti. 2005 listesinde, 50. sırada bulunan TBMM Genel Sekreteri, 16 basamak yükseltilerek, yeni listede (8 Mayıs 2008) 34. sıraya konuldu. Cumhurbaşkanlığı genel sekreter yardımcıları 52 olan protokol sıralarını korurken, TBMM Genel Sekreter yardımcıları da 53. sırada yeraldılar. Buna karşın, Yargıtay daire başkan ve üyelerinin 56 olan sıraları 57’ye, Danıştay daire başkan ve üyelerinin 57 olan sıraları 58’e, Sayıştay Daire Başkan ve üyelerinin 58 olan sıraları ise 59’a kaydırıldı. Yargıtay Daire Başkan ve üyelerinin 1998’den önce 53 olan sıralarının 2005’te 56’ya, 2008’de ise 57’ye itilmesiyle, yargı mensupları 1998’den bu yana tam dört sıra geriye gitmiş oldu. Danıştay ve Yargıtay üyesi olarak zaten protokol listesinde yeralan Yüksek Seçim Kurulu üyelerinin 2005 listesinde 63 olan sıraları da yeni listede 64’e kaydırıldı. Yargı mensupları 51. sırada olan ve yerini koruyan Diyanet İşleri Başkanı’nın 6 sıra gerisinde kaldılar.
Başkanlar ilk 10’da
Protokol listesinin ilk 10’u şöyle oluştu: 1-TBMM Başkanı, 2-Başbakan, 3-Genelkurmay Başkanı, 4-Ana muhalefet partisi genel başkanı, 5-Eski cumhurbaşkanları, 6-Anayasa Mahkemesi Başkanı, 7-Yargıtay Birinci Başkanı, 8-Danıştay Başkanı 9-Bakanlar Kurulu üyeleri 10-Kuvvet komutanları. Sayıştay Başkanı (21), Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı, Türkiye Barolar Birliği Başkanı (22), Danıştay Başsavcısı (23), Anayasa Mahkemesi Başkanvekili (24), Uyuşmazlık Mahkemesi Başkanı (25), Anayasa Mahkemesi üyeleri (26), Yargıtay Başkanvekilleri (27) ve Danıştay Başkanvekillerinin (28) protokol listesindeki sıraları da değişmedi ve aynı kaldı.
Yargıda tepki: Aday adayları bile önümüzde
Yargı çevreleri protokol listesine tepki gösterdi. Bir yargı mensubu şunları söyledi: "Anayasal düzenlemede, yasama, yürütme ve yargı üç temel erk olarak yeralmaktadır. Bu nedenle yargı erkinin de devlet protokolü içinde yer alması zorunludur. Ancak bulunacağı yerin konum ve saygınlığı ile mütenasip olması da gereklidir. Adalet Bakanlığı müsteşarı ile müsteşar yardımcıları, valiler Yargıtay ve Danıştay üyeliği için aday adayı oldukları halde protokol sıralamasında bu yüksek mahkemelerin daire başkan ve üyelerinin önünde yer almışlardır. Yargıtay üyelerinden müteşekkil birinci Başkanlık Kurulu huzurunda yemin eden Rekabet Kurulu başkanı ve Sermaye Piyasası Kurulu başkanına Yargıtay daire başkan ve üyelerinin önünde yer verilmiştir. Yargıtay ve Danıştay Başkanları YÖK Başkanının önünde olduğundan doğal olarak Yargıtay ve Danıştay üyelerinin de bu kurul üyelerinin önünde olması gerekirken, gerisinde yeralmışlardır. Oysa yüksek mahkeme üyeleri anayasal bir devlet erki kullanırken, anılan kurulun üyeleri idari bir kuruluşu oluşturmaktadır."