Tarihçi Prof. Dr. İlber Ortaylı, İstanbul Tophane projesinin Nusretiye Camii'ne ve İstanbul siluetine saygı göstermediğini belirtti. "İstanbul’un Tophane kıyısındaki... Rezalet" başlıklı yazısında Ortaylı, "Hükümet nerede, belediyeler nerede?Hükümet nerede, belediyeler nerede? Ya karşı tarafta Şemsi Paşa Camii’ni kazıkla sarsıyorlar ya da Rumeli yakasında Yazıcı Camii’nin önüne güya martı tipi rıhtımlar yaptılar ve şimdi de Kılıç Ali Paşa Camii ve Nusretiye Camii’ni gölgelemekle uğraşıyorlar! Neyi gizliyorsunuz, niçin gizliyorsunuz? Mimar Sinan’dan daha büyük adamlar mısınız? " diye sordu.
Ortaylı, “Vurdumduymaz halkımızın aldırış etmediği ilk olay burada Adnan Menderes devrinde yapılan Denizcilik Bankası’nın ve limanın gudubet antrepolarıdır. Bu garabet biter sanıyorduk. Bu sefer de ikinci nesil ve siyasilerin bir mucizesi daha ortaya çıktı, Tophane Projesi adını taşıyor. Üçüncü bir projeyi de eczacılıktan çoktan vazgeçen Eczacıbaşı’nın Sanat Müzesi çıkardı.” değerlendirmesini yaptı.
Ortaylı şunları kaydetti:
"Çok sanatsever ve bilmiş geçinen birkaç kişi tarihi İstanbul’u mahvediyorlar. Hiç değilse gelip geçerken ruhumuza aydınlık getirecek manzara tamamen kapandı. 50 sene sonraki İstanbullular akıllanırsa bu iki binayı da götürürler, ama “Şimdilik biz bu çirkinliğe ve girişkenliğe tahammül etmek zorunda mıyız?” diye soruyorum. Her yerden görebileceğimiz tek cami, Çamlıca kaldı. Süleymaniye’nin dibi malum. Kıyılardaki Sinan eserleri ve özellikle etraftaki mezbele arasında boğulan, şimdi de modern birtakım bloklarla kuşatılan Piyale Paşa Camii’nin hazin durumu da belli. “Arıyorsun, bu nereye kayboldu” diye. Zevk tamamen Suudilerinkine benziyor. Orada da galiba Kâbe-i Muazzama’yı Hilton gibi otellerin arasında aramak lazım.
Hükümet nerede, belediyeler nerede? Ya karşı tarafta Şemsi Paşa Camii’ni kazıkla sarsıyorlar ya da Rumeli yakasında Yazıcı Camii’nin önüne güya martı tipi rıhtımlar yaptılar ve şimdi de Kılıç Ali Paşa Camii ve Nusretiye Camii’ni gölgelemekle uğraşıyorlar! Neyi gizliyorsunuz, niçin gizliyorsunuz? Mimar Sinan’dan daha büyük adamlar mısınız? Bu inşaatın nasıl olup da Menderes antreposundan daha büyük alana genişlediğine dair detaylı bir açıklama bekliyoruz. Daha önce bir bölümü de olsa denizden rahatlıkla görülebilen tarihi camilerin siluetinin tamamen kapanmasına kim izin verdi, ne zaman ve nasıl? Güya tarihi mirasımıza, kültürümüze sahip çıkılacaktı? Tezhip kursu açmakla iş bitmiyor. Eskiyi arar olduk. Nusretiye Camii’nin statik yapısının bu binalar nedeniyle sarsılmayacağına dair bir teminat verilebilir mi? Kamuoyu bu soruların cevaplarını bekler.