AKP Genel Başkanı ve Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın, ODTÜ ve İTÜ dahil 13 üniversiteye rektör ataması yapması, eğitim camiasından büyük tepki topladı. Eğitim-İş, yapılan atamaların Anayasa Mahkemesi'nin kararlarına aykırı olduğunu belirterek hukuk devleti ilkelerinin ihlâl edildiğini vurguladı ve atamaların baskılardan uzak, özerk biçimde liyakate dayalı yapılması gerektiğini söyledi.
Cumhuriyet'ten Taylan Gülkanat'ın haberine göre, Eğitim-İş'in açıklamasında, "Üniversiteler, bilimsel araştırmanın ve özgür düşüncenin merkezidir. Bu kurumların yöneticileri, siyasi baskıdan uzak, liyakate dayalı olarak atanmalıdır" ifadeleri kullanıldı. Anayasa Mahkemesi'nin iptal kararına rağmen atamaların sürdürülmesinin kabul edilemez olduğu belirtildi.
Eğitim-İş İzmir 4 No'lu Yükseköğretim Şube Başkanı Elbey Kale ise üniversitelerin siyasi arka bahçe olmaktan çıkarılması gerektiğini söyledi ve rektörlerin demokratik seçimlerle belirlenmesi gerektiğini ifade etti.
Ayrıca, Eğitim Sen Yükseköğretim ve Eğitim Sekreteri Evrim Gülez, YÖK'ün kapatılması gerektiğini ve üniversitelerin özerk ve bilimsel olması için gerekli adımların atılmasını istedi. Gülez, "Üniversitelerin tüm kurumlardan, siyasi iktidardan ve sermayeden bağımsız olarak kendi kararlarını almaları sağlanmalıdır" dedi.