Fenerbahçe'de 6. sezonunu geçiren Selçuk Şahin, Gaziantepspor mücadelesinde, sarı-lacivertli formayla 100. lig maçına çıktı.
2003-2004 sezonunda Fenerbahçe'ye transfer olan Selçuk, ligde sarı-lacivertli formayı giydiği 99 maçta takımı adına da toplam 8 gole imza attı.