Rektör'ün, kızı Hanife Baykal Şahin, KTÜ'de öğretim üyesi, diğer kızı Leyla Baykal, Dermatoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi, üçüncü kızı Elif Baykal Kablan, Mühendislik Fakültesi Araştırma görevlisi. Elif Baykal Kablan'ın eşi Yavuz Kablan da KTÜ'de iki sınavı ilk sırada kazanıp öğretim üyesi oldu. Rektör Baykal'ın diğer damadı Mürsel Şahin ise Kardiyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi olarak görev yapıyor.
Sözcü'den Ali Ekber Ertürk'ün haberine göre, Maçka Sinan Burhan Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Merkezi'nde görevli kızı Hanife Baykal Şahin, Kırşehir'deki Ahi Evran Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne Fizik Tedavi Uzmanı olarak atandı. Burada 2 yıl çalıştıktan sonra özel şartlı kadro ile babasının rektörlük yaptığı KTÜ'ye geçiş yaptı ve öğretim üyesi oldu. Rektör Baykal'ın diğer kızı Leyla Baykal, KTÜ Dermatoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyeliği görevini yapıyor. Rektör'ün üçüncü kızı Elif Baykal Kablan ise Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nde Araştırma Görevlisi. Elif Baykal Kablan'ın Avrasya Üniversitesi'nde görev yapan eşi Yavuz Kablan ise KTÜ'de bir günde iki bölümü birden kazanarak öğretim görevlisi oldu. Kablan, 61.73 ortalama ile hem Abdullah Kanca Meslek Yüksek Okulu'nu hem de Rektörlük'e bağlı Uzaktan Eğitim Merkezini ilk sırada kazandı. ALES puanı 85 olan bir başka aday ise kazanamadı. Elif-Yavuz Kablan çiftinin nikahını İçişleri Bakanı Süleyman Soylu kıymıştı.
Kızlarından Hanefi Baykal Şahin'in eşi Mürsel Şahin ise KTÜ'de Kardiyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi olarak görev yapıyor.