Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı’nın yürüttüğü faili meçhul cinayetlerle ilgili soruşturma kapsamında İstanbul Cumhuriyet Savcılığı’nda talimatla ifade veren 2. Ergenekon davasının tutuksuz sanığı emekli Albay Arif Doğan, JİTEM’in Jandarma Genel Komutanlığı’nın emriyle Jandarma Asayiş Bölge Komutanlığı bünyesinde ikinci bir emre kadar “Jandarma İstihbarat Terörle Mücadele Grup Komutanlığı” adı altında deneme amaçlı kurulduğunu söyledi. JİTEM’in kurucusunun kendisi olduğunu, yapının oluşturulma emrini ise Jandarma Genel Komutanı Burhanettin Bigalı’nın verdiğini söyleyen Doğan, JİTEM’in kadrosunun subaylardan oluştuğunu, ‘Yeşil’ kod adlı Mahmut Yıldırım’ın ise paralı ajan olduğunu belirtti.
Doğan, Genel Komutanlık emri, İçişleri Bakanlığı ve Genelkurmay onayıyla kurulan bu istihbarat teşkilatının kuruluşuna ilişkin yasal mevzuatı bakanın onayına kendisinin sunduğunu anlattı. Dönemin İçişleri Bakanı’nın Mustafa Kalemli ve Emniyet Genel Müdürü’nün ise Saffet Arkan Bedük olduğunu anımsatarak “Gerek jandarma, gerek polis mıntıkasında da bakan emri ile istihbarat çalışmaları yapıyorduk. İstihbarat elemanları prim karşılığında çalışırdı. JİTEM operatif istihbarat birimiydi” dedi.
1990 yılında görevden ayrıldığını ve görevi o dönem albay rütbesindeki emekli Tuğgeneral Veli Küçük’e devrettiğini söyleyen Doğan, Küçük’ün Olağanüstü Hal (OHAL) bölgesi dışında görevli olduğunu, JİTEM isimli OHAL bölgesi sınırları içerisinde kalan görev alanına ilişkin yetkisini kimseye devretmediğini söyledi.
Mahmut Yıldırım’ın mükemmel bir istihbaratçı olduğunu savunan ve sadece bir kere beraber yemek yediklerini anlatan Doğan, “Kendisi Jandarma İstihbarat Grup Komutanlığı’na bağlı bir elemandı. Maaşlı bir ajandı. Kendisinin iki sene çalıştığını biliyorum. Ben Mahmut Yıldırım’ın vatanperver biri olduğunu bilirim” diye ifade verdi.