Yeni Akit, 17 Nisan 1999 seçimlerinde Fazilet Partisi'nden milletvekili seçilerek başörtüsüyle TBMM'ye giren ve dönemin Başbakanı Bülent Ecevit'in “Bu hanıma haddini bildiriniz” sözleriyle tepki gösterdiği Merve Kavakçı'nın babası Prof. Dr. Yusuf Ziya Kavakçı'nın yazısını internet sitesinden kaldırdı.
Kavakçı, darbe girişiminin planlayıcısı olduğu belirtilen Fethullah Gülen'e yönelik olarak "Açık bir beyan ile 'hata ettik, Cumhurbaşkanımız Recep Tayyip Erdoğan ve arkadaşlarının iyiliğini aldık, suiistimal ettik, yanlış yaptık, tevbe, hem de tevbe-i nasuh ile tevbe ediyorum' demelidir. 'Peşiman oldum, nadim oldum, bir dahi işlememeğe azm u cezm eyledim' diye yüksek sesle ala meleinnas ahd vermelidir" demişti.
Kavakçı, Yeni Akit'te "Fetullah Gülen olsam?" başlığıyla yayımlanan (19 Nisan 2018) yazısında sözlerine şöyle devam etti:
"Ve Türkiye’ye köyüne dönmelidir. Zaten kaç yıl daha yaşar ki insan. Bildiğini de anlatır, teşkilata sadece eğitim ve öğretim hizmetinde olmalarını emreder ve bir de dünya çapında güçlü bir İslam alimleri yetiştirme ve İslam araştırma merkezi ve üniversiteyi kurar. Bu merkez ve üniversite Dünya’da benzeri olmayan bir kalitede müessese olur. Türkiye’ye dönünce ve iktidar ile iyi münasebetlerini tesis edince, eminim, ona muamele de iyileşecek, böylece dış güçlerin tesirinden uzak olarak hayatının son günlerini yurtta geçirecek, teşkilatın asıl hizmeti yeniden canlacak ve bir uluslararası İslam alimleri yetiştirme projesi faaliyete girecektir."