Erhan Afyoncu, Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Sosyal Bilgiler Eğitimi Bölümü Tarih Öğretmenliği Anabilim Dalından 1988 yılında mezun oldu. Bir yıl sonra Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Sosyal Bilgiler Eğitimi Bölümünde araştırma görevlisi olarak 1989 yılında işe başladı. Yüksek lisansını Necati Efendi Tarihi Kırım (Rusya Sefaratnamesi) tezi ile yaptı.
Erhan Afyoncu, 1997 yılında Osmanlı Devlet Teşkilatında Defterhânei Âmire (XVIXVIII. Yüzyıllar) tezi ile doktorasını yaptı, 2000 yılında yardımcı doçent, 2008 yılında da doçent oldu. 2001 yılında Fen Edebiyat Fakültesi Tarih bölümüne geçti.
2014 yılında ise profesör oldu. 2007 yılında 24 televizyonunda Geçmiş Zaman Olur Ki adlı haftalık bir tarih programında Vildan Oğuz ile birlikte sunuculuk yaptı. Daha sonra 20092015 yılları arasında Habertürk televizyonunda Murat Bardakçı ve Pelin Batu ile birlikte “Tarihin Arka Odası” adlı bir tarih programı yaptı.
Habertürk Gazetesi’nin pazar eki olarak 2010 – 2012 yılları arasında çıkan ve derginin akademik koordinasyonu görevini üstlendiği “Murat Bardakçı ile Habertürk Tarih” adlı dergide yazılar yazdı. 2011 yılında Show TV’de yayınlanan; ilk sezonunda senaristliğini Meral Okay’ın yaptığı ve yönetmenliğini Taylan Biraderler’lerin yaptığı Muhteşem Yüzyıl adlı dizinin tarih danışmanlığını yaptı. Erhan Afyoncu, 11 Nisan 2012 tarihinde Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından,
Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Yönetim Kurulu üyeliğine getirildi.
Erhan Afyoncu, 2008 – 2014 yılları arasında Bugün gazetesinde Çarşamba ve Pazar günleri köşe yazıları yazdı. Halen Sabah'ta yazılarına devam etmektedir.
2010 yılında Marmara ÜniversitesiFenEdebiyat Fakültesi Tarih Bölümü başkan yardımcısı oldu. 2016 yılı itibariyle Marmara Üniverstesi Fen Edebiyat Fakültesi dekanı oldu.
Kitapları
Das Osmanische Reich: Unverhüllt
Kıbrıs Meselesi Ali Ahmetbeyoğlu, Erhan Afyoncu.
Ermeni Meselesi Üzerine Araştırmalar
Osmanlı'nın Hayaleti
Ottoman Empire Unveiled
Sorularla Osmanlı İmparatorluğu
Sorularla Osmanlı İmparatorluğu, 6 Cilt
Osmanlı Tarihi Araştırma Rehberi
Diaspora'da Ermeni Kimliği Paris ve Halep Örnekleri Hüseyin Çakıllıkoyak;
Editör: Erhan Afyoncu.
Ermeni Meselesi Üzerine Araştırmalar
Fatih ve Fetih Albümü, Tatav Yayınları.
Tanzimat Öncesi Osmanlı Tarihi Araştırma Rehberi
XVII. ve XVIII. yüzyıllarda Danişmendli Türkmenleri Tufan Gündüz; Editör:
Erhan Afyoncu.
Özü'den Tuna'ya Kazaklar – 1 Yücel Öztürk; Editör: Erhan Afyoncu.
2010 Osmanlı İmparatorluğu'nda Askeri İsyanlar ve Darbeler, Erhan AfyoncuUğur
DemirAhmet Önal
2009 Truvanın İntikamı
2010 Yavuz’un Küpesi
2011 Muhteşem Süleyman
2011 Fransa'ya Osmanlı Tokadı
2012 Kanuni ve Şehzade Mustafa
2012 Venedik Elçilerinin Raporlarına Göre Kanuni ve Pargalı İbrahim Paşa
2013 Sahte Mesih (Osmanlı Belgeleri Işığında Dönmeliğin Kurucusu Sabatay
Sevi ve Yahudiler
2013 İstanbul'un Kapısı Sultanbeyli Tarihi, (Vahdettin Engin, İlber Ortaylı ve
Mehmet Mazak ile birlikte)
2014 Peçesi Düşen Osmanlı :Çince
2014 Son Dünya Düzeni
2015 Süleyman Şah Türbesi
2015 Muhteşem Valide: Kösem Sultan
2015 Turhan Sultan(Uğur Demir ile birlikte)
2015 Baltacı ve Katerina