Bir dönem Gülen cemaatinin medyadaki kurumsal yüzü olarak bilinen, kısa süre önce devletin yönetimine kayyum atayarak el koyduğu Zaman gazetesi, Yargıtay 16. Ceza Dairesi'nin, 274 sanıklı Ergenekon davasında, "Örgüt yok, hukuka aykırı delilller var" hükmüne vararak İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararını hem usul, hem de esas bakımından bozmasını "Ergenekon sil baştan" başlığıyla manşetine taşıdı.
Yargıtay'ın tarihi kararı, hükümete yakın gazetelerin davaya bakış açısını da değiştirirken, 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 5 Ağustos 2013'te aralarında eski Genelkurmay Başkanı Orgeneral İlker Başbuğ'un da bulunduğu davanın birçok sanığına müebbet hapis cezalarının verildiği dönemde kayyum yönetiminde olmayan Zaman gazetesi, "Ergenekon Silahlı Terör Örgütü'ne müebbet hapis" manşetini atmıştı. Kayyum yönetimindeki Zaman'ın haberinde bu manşet birinci sayfaya taşındı. Haberde, 17 Aralık yolsuzluk operasyonlarının ardından cemaate yönelik soruşturmalarda yöneltilen 'Fethullahçı Terör Örgütü' (FETÖ) suçlamasına dayanak yapılarak, "FETÖ, Ergenekon'da hukuk cinayeti ve ihanet operasyonu için medyayı da kullandı" ifadesine yer verildi.
Kayyum yönetimindeki Zaman'ın bugünkü birinci sayfası şöyle: