Cumhurbaşkanı ve AKP Genel Başkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın 'yeni anayasa' çıkışı sonrası yapılan yorum ve tartışmalara camiye çevrilen Ayasofya'ya "baş imam" olarak atanan Prof. Dr. Mehmet Boynukalın da katıldı. Prof. Boynukalın, yeni anayasada laiklik ilkesinin yer almaması çağrısı yaparken, "Cumhuriyet fabrika ayarlarına dönsün" dedi.
Boynukalın, Twitter hesabından, “1921 ve 24 anayasalarında devletin dini İslam’dı ve laiklik yoktu. Cumhuriyet fabrika ayarlarına dönsün” ifadelerini kullandı. Ayasofya baş imamı mesajını "#AnayasadaİslamOlsun" etiketiyle bitirdi.
Prof. Dr. Mehmet Boynukalın, daha önce de Yalova Üniversitesi İslami İlimler Fakültesi Öğretim Görevlisi Doç. Dr. Ebubekir Sifil'in Diyanet'e yaptığı "Yılmaz Özdil'in ve Cüneyt Akman'ın cesetleri camilere sokulmasın, cenazeleri kılınmasın" çağrısına destek vermişti. Bynukalın, Özdil ve Akman'ın Allah'ın ayetleriyle alay ederek "küfür"e girdiğini öne sürmüş ve "Dolayısıyla Ebubekir Sifil hoca doğru söylemiş" demişti.