Kudüs meselesi Vatikan ve Türkiye yönetimlerini yakınlaştırmış görünse de ikili ilişkiler son yıllarda her zaman sıcak olmadı. Türkiye ile Vatikan arasında son birkaç yılın öne çıkan hadiselerinden bazıları şunlardı:
* Papa Francesco'nun yönetimindeki Vatikan ile Türkiye arasındaki ilişkilerin en hatırda kalan anı 2015'te yaşanan "soykırım" kriziydi. Papa'nın 1915'in 100. yılı sebebiyle 12 Nisan 2015'te Vatikan'da düzenlediği ayinde Ermenilerin 1915'te soykırıma uğradığını söylemesi Türkiye yönetiminin tepkisiyle karşılaştı.
Papa Francesco bu konuşmasında, 2001 yılında dönemin papası 2. Giovanni Paolo'nun Ermeni Apostolik Kilisesi Katolikosu 2. Karekin ile birlikte imzaladığı ortak deklarasyondan alıntı yaparak 1915 olaylarını "20. yüzyılın ilk soykırımı" diye tanımladı. Papa, "Son yüzyılda insanlık 3 büyük trajedi yaşamıştır. Bunların ilki, genel olarak 20. yüzyılın ilk soykırımı olarak görülen ve - Katolik ve Ortodoks Süryaniler, Asuriler, Keldaniler ve Rumlarla birlikte - ilk Hristiyan ulus olan siz Ermeni halkına karşı yapılmış olandır. Piskoposlar, rahipler, din adamları, kadınlar, erkekler, yaşlılar ve hatta savunmasız çocuklar ve hastalar bile öldürülmüştür" dedi.
Bu sözler üzerine Türkiye'nin Vatikan Büyükelçisi Mehmet Paçacı aynı gün Ankara'ya çağrıldı.
Cumhurbaşkanı Erdoğan da Papa'ya sert tepki göstererek "Tarihçilerin işini siyasetçiler, din adamları aldığı zaman oradan hakikat değil, işte bugün olduğu gibi hezeyan çıkar. Ben bu vesileyle tekrar ortak komisyon çağrımızı yineliyor ve arşivlerimizi sonuna kadar açmaya açık olduğumuzu vurgulamak istiyorum. Ve Sayın Papa'yı da bu tür yanlışlara herhalde bir daha düşmez diye kınıyorum ve uyarmak istiyorum" dedi.
Bu olay sonrası Türkiye, Vatikan ile diplomatik ilişkilerini yaklaşık 10 ay boyunca maslahatgüzar seviyesinde sürdürdü. Bu sürede yapılan diplomatik girişimlerin sonunda ise her iki taraftan da adımlar atılması sayesinde Türkiye'nin Vatikan Büyükelçisi Şubat 2016'da Vatikan'a geri döndü.
Büyükelçi'nin dönmesiyle Türkiye-Vatikan diplomatik ilişkileri yeniden rayına otursa da, Vatikan kaynakları gerçek yakınlaşmanın ancak Kudüs meselesi sayesinde mümkün olduğunu söylüyor.
* Türkiye'nin Vatikan Büyükelçisi'nin göreve dönmesinden birkaç ay sonra, Haziran 2016'da Ermenistan'ı ziyareti sırasında Papa yine "soykırım" sözcüğünü kullandı. Bu ziyaretten Roma'ya dönüşü sırasında da "soykırım" sözcüğünü neden kullandığını açıklarken, memleketi Arjantin'de görev yaparken yalnızca bu terimi duyduğunu söyledi:
"Arjantin'de Ermenilerin katledilmesinden söz edilirken hep soykırım kelimesi kullanılırdı. Ben başka bir kelime bilmiyordum. Roma'ya geldikten sonra ise başka bir ifade duydum "Büyük Felaket" (Metz Yeghern), ki bunun nasıl telafuz edildiğini bilmiyorum... Ben her zaman, geçen yüzyılda 3 soykırım yaşandığından söz ettim. Birincisi Ermenilere yapılan, sonra Hitler'in yaptığı ve sonuncusu da Stalin'inki."
Papa, bu olaylarda esas suçlunun ise "yüzünü başka yöne çeviren büyük uluslararası güçler" olduğunu söyledi.
* Papa Francesco, Mart 2013'te göreve başlamasının ardından 6. yurtdışı ziyaretini Kasım 2014'te Türkiye'ye yaptı. Fener Rum Patrikhanesi'nde 30 Kasım'da düzenlenen Aziz Andreas yortusuna katılmak amacıyla Türkiye'ye giden Papa, öncesinde de Ankara'da resmi ziyaretlerde bulundu. Papa, Beştepe'deki Cumhurbaşkanlığı Sarayı'nın ilk yabancı konuğu oldu.
* Sıklıkla göçmenlere kucak açılması çağrısı yapan Papa, Türkiye ziyaretinden dönüşünde de çok sayıda mülteciyi ağırladığı gerekçesiyle Türk hükümetine "cömertliğinden" ötürü teşekkür etti.
* 2015'te Türkiye'de Diyanet İşleri Başkanı'na pahalı bir makam aracı tahsis edilmesi tepkilere yol açınca Erdoğan tartışmaya Papa'yı da dahil etti. Erdoğan, itirazlara karşılık olarak "Beyefendiler niçin bakmazlar, Hristiyan dünyasına Vatikan'a niye bakmazlar? Vatikan'da dini liderin özel uçağı, araçları var... Vatikan'da yapı bu olacak, bizim dini liderimiz tarifeli uçakla seyahat edecek!" dedi. Ancak 1.3 milyar Katoliğin lideri ve Vatikan Şehir Devleti Başkanı Papa'ya ya da Vatikan'a ait bir özel uçak bulunmuyor.
* AB'nin temellerinin atıldığı Roma Antlaşması'nın 60. yıldönümü nedeniyle Mart 2017'de Roma'ya gelen AB üyesi ülkelerin liderleri Vatikan'da Papa Francesco ile de görüştü, Erdoğan bu görüşmeyi eleştirdi. Erdoğan, "Hayırdır niye Vatikan'da bir araya geldiniz? Papa ne zamandan beri AB üyesi oldu? Haçlı ittifakı kendini eninde sonunda gösterdi" çıkışında bulundu.
* Türkiye yönetimi ile Papa Francesco'nun benzer yaklaşım sergilediği konulardan bir tanesi de Arakanlı Müslümanların durumu. Arakanlı Müslümanların yaşadıklarını defalarca gündeme getiren Papa, "kardeşlerimiz" dediği bu topluluğun yaşadıklarının kendisini ağlattığını söyledi. 26 Kasım-2 Aralık tarihlerinde Myanmar ve Bangladeş'i ziyaret eden Papa, Myanmar'dan kaçmak zorunda kalan bir grup Arakanlı Müslüman ile görüştü ve "Sizi inciten herkes adına, dünyanın kayıtsızlığı için af diliyorum" dedi. Erdoğan dün La Stampa gazetesinde yayımlanan söyleşisinde "Papa'nın Arakanlı Müslümanların çektiği acılara gösterdiği ilgi dünyaya örnek olmalıdır" dedi.