"İrtica ile Eylem Planı"yla ilgili soruşturmanın hukuki boyutu tartışılıyor. Uzmanlara göre konunun hem askerî savcı hem de sivil savcı tarafından soruşturulması gereken farklı yönleri var. Hukukçular ülkenin birlik ve bütünlüğü, ayrıca demokratik sistemi hedef alan konuların sivil yargı kapsamında olduğunu belirtiyor.
Zaman gazetesinin haberine göre CMK'nın 250. maddesinde yapılan değişiklikten sonra bu talepler bazı askerî savcılar tarafından hayata geçirildi. Bunun en çarpıcı örneklerinden biri 18 Eylül 2009 tarihinde 8. duruşması yapılan Dağlıca davasında yaşandı. Hakkari'nin Yüksekova ilçesi Dağlıca bölgesinde gerçekleşen saldırıda teröristlerce kaçırıldıktan sonra serbest bırakılan 8 askerin tutuksuz yargılandığı davanın 8. duruşmasında askerî savcı Yarbay Zafer Metin, 'devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozmak suçu'nun sivil mahkeme konusu olduğunu belirterek, görevsizlik kararı verdi. Van Jandarma Asayiş Kolordu Komutanlığı Askerî Mahkemesi'ndeki duruşmada sanık avukatlarının görevsizlik kararı verilmesi ve yayın yasağının kaldırılmasını talep etmesi üzerine askerî savcı Yarbay Zafer Metin görüş bildirdi. Metin, mahkemenin askerî yargı görev alanına giren suçları incelerken diğer suçlarla ilgili görevsizlik kararı vererek dosyanın sivil mahkemeye gönderilmesini istedi. Askerî mahkeme, görevsizlik talebinin askerî mahkemenin görev alanına giren suçlara ilişkin hükümle birlikte değerlendirilmesini kararlaştırdı.
Askerî savcının talebi, benzer birçok davada emsal olma niteliğinde. Dağlıca davası sanıklarından Ramazan Yüce'nin avukatı Arslan Dinçer, bunların başında Şemdinli davasının geldiğini belirtiyor. CMK'nın 250. maddesinde yapılan değişiklikten sonra Şemdinli dosyasının yeniden sivil mahkemeye gönderilmesi gündeme gelmişti. Ancak henüz bu yönde bir gelişme yaşanmadı. Emekli Yargıtay Savcısı Ahmet Gündel, Dağlıca davasında konunun içeriğini tam bilmediği için savcının görüşü ile ilgili değerlendirme yapamayacağını vurgularken, "250. maddede yapılan değişiklikten sonra askerî savcı tarafından yürütülen Şemdinli davası hemen sivil yargıya devredilmeliydi. Maalesef hâlâ bu gerçekleşmedi." diyor.
Hakkari'nin Yüksekova ilçesindeki Dağlıca Taburu'na, 21 Ekim 2007 gecesi PKK'lı teröristler tarafından baskın düzenlenmiş, 12 asker şehit edilmiş, 16 asker yaralanırken 8 asker kaçırılmıştı. Kaçırılan askerler Türkiye'ye teslim edildikten sonra Van Askerî Mahkemesi'nde hâkim karşısına çıkmıştı. 'Büyük zararlar doğuran emre itaatsizlikte ısrar' ve 'izinsiz olarak başka ülkenin topraklarına geçmek'ten tutuklanan sanık askerler, 1 Şubat 2008'deki ilk duruşmada tahliye edilmişti. Dava halen sürüyor.