Darbe girişimi ve hükümete müdahale iddialarının odağına oturduğu Ergenekon davasında İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi 'Ergenekon silahlı terör örgütü'nün varlığını kabul etti. Ağır cezaya çarptırılan çok sayıda isim bu 'örgüt'ün yöneticisi veya üyesi olduğu gerekçesiyle mahkûm edildi. Başbakan Recep Tayyip Erdoğan ise generalleri 'terör örgütü üyeliği' ile suçlayanları 'tarihin affetmeyeceğini' öne sürmüştü. Erdoğan, "Başta eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ olmak üzere, diğer generallerimizin hiçbirine alışılmış anlamda 'terör örgütü mensubu' demek bir defa çok ciddi bir yanlıştır. Bu affedilemez. Bu tanımlamayı yapanlar şu anda bulundukları makam itibarıyla, kendilerini sağlamda görseler bile tarih onları affetmez" ifadesini kullanmıştı.
Erdoğan, bu görüşü Haberktürk TV'de1 Şubat 2013 tarihinde yayınlanan Teke Tek Özel programında Fatih Altaylı'nı sorularını yanıtlarken dile getirmişti. Ergenekon davasında kararların açıklanmasının ardından yapılan olağan Bakanlar Kurulu toplantısından sonra Başbakan Yardımcısı ve Hükümet Sözcüsü Bülent Arınç'a da hatırlatılan Erdoğan'ın sözleri şöyle:
"Türkiye'de kuvvetler ayrılığı prensibi, yasama yürütme yargı olarak birbirlerinin alanına girmeye çok müsait. Daha önce biliyorsunuz Sezer'in döneminde de yargıyı adeta bu erklerin üzerine çıkaran bir meclis konuşması vardı. Çok da eleştiri aldı o ifadeler. Çünkü hiçbir zaman ne yargının yürütme üzerinde, ne yürütmenin yargı üzerinde, ne yasamanın diğerleri üzerinde üstünlüğü olamaz. Hepsinin kendi anayasanın tanımladığı o kategoride hizmetini vermesi lazım. Bu süreç içinde, başta eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ olmak üzere, diğer generallerimizin hiçbirine alışılmış anlamda 'terör örgütü mensubu' demek bir defa çok ciddi bir yanlıştır. Bu affedilemez. Bu tanımlamayı yapanlar şu anda bulundukları makam itibarıyla, kendilerini sağlamda görseler bile tarih onları affetmez. Türk Silahlı Kuvvetleri, bir örgüttür ama terör örgütü değildir, anayasal bir örgüttür. Bu anayasal örgütün başıdır dersen eyvallah. Ama terör örgütüdür dediğin zaman, sen o zaman geliyorsun Türk Silahlı Kuvvetlerimizi bu hale getiriyorsun. Bunun affedilir bir yanı yok, çok ciddi bir yanlış."
