İstanbul'da faili meçhul cinayet soruşturması kapsamında gözaltına alınan Mehmet Eymür, istihbarat ekipleri arasındaki savaşta öne çıkan isimlerden biri.
1988’de Aydınlık’ta yayımlanan Birinci MİT Raporu’nun ardından Müşteşar Yardımcısı Hiram Abas, Daire Başkanı Mehmet Eymür ve Daire Başkan Yardımcısı Korkut Eken istifa ederler, daha doğrusu görevlerinden ayrılmak zorunda kalırlar. Ama Eymür, Tansu Çiller dönemiyle birlikte yeniden sahneye çıkar. Bu ekip, dönemin muhalefet liderlerini böylesi bir rapor yazarak tasfiye planını hayata geçirmekle itham edilir.
Zaten Eymür, Meclis Susurluk Araştırma Komisyonu’na verdiği ifadede bunu doğrular ve 93’te göreve yeniden çağrıldığını söyler.
Mehmet Eymür , Tansu Çiller’in başbakan olduğu dönemde (1993) MİT bünyesinde kurulan Kontr Terör Dairesi'nin başına getirilir. Dönemin MİT Müsteşarı Sönmez Köksal yeni yapılanmayı anlatmış, “Terörle Mücadele Politikası” ara başlığı altında bu merkezin kurulma nedeni olarak ‘yabancı servislerle işbirliği” vurgusu yapmıştır.
MİT, 26 Kasım 2008’de bu merkezin 1997’de kuruluş şemasından çıkarıldığını açıkladı. Mehmet Eymür’ün de ilişkisi kesilmişti.
Dönemin Başbakanlık Teftiş Kurulu Başkanı Kutlu Savaş’ın Susurluk Raporu’nda şu ifadeler yer alır:
“MİT bünyesine katılan ve PKK’lı itirafçılardan ve koruculardan kurulu vurucu güç, daha doğrusu MİT Kontr Terör Merkezi isimli yasadışı yapı. Başbakan Çiller’in bu yapılara desteği ve örtülü ödeneği kullanmaya başlaması bu dönemin işleridir...”
Abdullah Çatlı ve Korkut Eken’in de adının karıştığı iddia edilen cinayetin ardından Eymür 1998'de İstanbul 6 No’lu DGM’ye verdiği ifadede “ Tarık Ümit’in kendisiyle birlikte çalıştığını, soruşturma sırasında soruşturmayı yürüten Astsubay Ahmet Altıntaş’ı sürekli bilgilendirdiğini, Ziya Bandırmalıoğlu ve Ayhan Akça’nın (eski özel harekatçılar, Susurluk’tan hüküm yediler) Tarık Ümit’le görüşen son kişi olduğunu söyler.
Ayrıca Eymür’ün Tarık Ümit’in kızı Hande Birinci’ye ‘Babanı Çatlı , Sami Hoştan ve Haluk Kırcı kaçırdı; bu hususta hemen basına açıklama yap ve ilgili yerlere dilekçe ver. Ayrıca babanın kaçırılmasında Mehmet Ağar ve Korkut Eken’in de rolü var” dediği, Meclis Susurluk Komisyonu’na yapılan açıklamada yer alıyor.
Daha sonra Ergenekon’dan yargılanan Sami Hoştan, savcılıkta verdiği ifadede, Eymür’ü yalanlayarak Eymür’ün Abdullah Çatlı’yı çok iyi tanıdığını, onunla birlikte MİT Müsteşarlığı'nın Ankara Yenimahalle’deki binasına Eymür tarafından çağrıldığını ve gittiğini açıkladı.
İstanbul'da gözaltına alınan Eymür, Yeşil olarak bilinen Mahmut Yıldırım ile de ilişkilendirildi. Bir iddiaya göre Yeşil JİTEM değil MİT elemanıydı. Halen Devrimci Karargâh davasında da suçlanan ve tutuklu yargılanan Emniyet Müdürü Hanefi Avcı'nın iddiasına göre, Eymür Yeşil’i tanıyor.
Mehmet Ağar ve Eymür ekibi arasındaki çekişmenin iyice su yüzüne çıktığı olay, istihbarat bilgisi sağlayan iki İran’lının (Lazım Esmaeili ve Askar Simitko) kimler tarafından öldürüldüğüne dair suçlamalar oldu. Eymür Emniyet’i suçlarken Hanefi Avcı da Eymür’ü suçladı. . Avcı, olayla ilgili Yeşil’i sorgulayan Eymür’ün bu konuyu kendisine hiç sormadığını öne sürüyor.
Kayıtlara yansıyan iddialar arasında, Susurluk Komisyonu üyeleri Metin Öney ve Yaşar Topçu’nun “Eymür’ün eylemlerinin denetim dışına çıkarıldığı” da bulunuyor.
Ergenekon davasında tanık olarak da dinlenen, bir dönem çok yakın olduğu eski MİT Müsteşarı Şenkal Atasagun'la da daha sonra ihtilafa düşen Mehmet Eymür, çeyrek yüzyıldır adı kamuoyunda en çok tartışılan, kendi kurduğu internet sitesinde (atin.org) yaptığı açıklamalarla da zaman zaman büyük yankı yaratan isimlerin başında geliyor.