Ankara Cumhuriyet Savcısı Mehmet Turgay’ın, 22 askeri hakim ve savcı hakkında “darbe ve terör örgütü kurmak, yönetmek” suçlarından hazırladığı iddianamede, 2004-2011 yılları arasında Genelkurmay Adli Müşavirliği yapan Tümgeneral Hıfzı Çubuklu’nun da tanık sıfatıyla alınan ifadesine yer verildi.Çubuklu ifadesinde, "Abdullah Gül Cumhurbaşkanı seçildikten sonra Askeri Yüksek Mahkemelerde önemli ölçüde FETÖ yapılanması ile bağlantılı olan kişilerin seçildiğini ve kadrolaştığını görüyoruz" dedi.
Ergenekon'dan 2 yıl tutuklu kalan emekli Tümgeneral Çubuklu şunları söyledi:
İhbar ve şikayetle tasfiye: TSK içinde kadrolaşmak isteyen bir grup, kendilerinden olmayanları tasfiye için, ihbar ve şikayet mektupları gönderirdi. Bu mektupların genel özelliği, ihbara konu kişinin doğum tarihi, görev yaptığı yerler, aile yapısı, çocuklarının okuduğu okullar, arkadaşlık ilişkilerine ilişkin somut ve doğru bilgiler vermesi, ardından bu kişiye ilişkin örneğin sekreteri ile ilişkisi, bir ihaleden para aldığının belirtilmesiydi.
MİT, jandarma ve emniyet: Bunlar tek merkezden geliyordu. Organizasyonun içinde MİT, Jandarma ve Emniyetten de görevlilerin olduğunu düşünüyorum. İhbar ve şikayete ilişkin internet bağlantısını buluyorsunuz ancak bu bağlantının şifresiz wifi üzerinden yapıldığı, wifi sahibinin de örneğin bir doktor muayenehanesi olduğunu görüyorsunuz.
Abdullah Gül dönemi: Adli Müşavirlikte, Genelkurmay savcılığında ve mahkemesinde görevlendirmek için ön ayak olduğum kişilerin hepsi, ben tutuklandıktan sonra bu profesyonel yapı tarafından tasfiye edildi. Özellikle Abdullah Gül Cumhurbaşkanı seçildikten sonra Askeri Yüksek Mahkemelerde önemli ölçüde FETÖ yapılanması ile bağlantılı olan kişilerin seçildiğini ve kadrolaştığını görüyoruz. Ahmet Zeki Liman, uzun süre Askeri Yargıtay üyeliği için listeye girdiği halde, Cumhurbaşkanı tarafından seçilmedi. Şüpheli kategorisinde olduğu belirtiliyordu. Gül Cumhurbaşkanı olunca, Askeri Yargıtay Üyeliği'ne seçildi.