Darbe girişiminin ardından Fethullah Gülen cemaatine yakın basın yayın kuruluşlarındaki gazetecilere yönelik hazırlanan iddianamede, "FETÖ propagandası yapmak" iddiasıyla tutuklanan gazeteci Ahmet Şık'a atıf yapıldı. Cumhuriyet'ten Canan Coşkun'un haberine göre, atıfta, Şık'ın Gülen yapılanması hakkında “İmamın Ordusu” isimli kitap yazarak örgütün faaliyetlerini deşifre etmeye çalıştığı belirtildi.
İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Soruşturma Bürosu savcılarından Murat Çağlak tarafından hazırlanan iddianamede, Zaman Gazetesi, Cihan Haber Ajansı, Millet Gazetesi, Bugün Gazetesi ve Meydan Gazetesi’nden çok sayıda muhabir "şüpheli" sıfatıyla yer aldı. İddianamede, müzisyen Atilla Taş ile gazeteciler Abdullah Kılıç, Ahmet Memiş, Ali Akkuş, Bayram Kaya, Bülent Ceyhan, Bünyamin Köseli, Cemal Azmi Kalyoncu, Cihan Acar, Cuma Ulus, Davut Aydın, Emre Soncan, Gökçe Fırat Çulhaoğlu, Habib Güler, Halil İbrahim Balta, Hanım Büşra Erdal, Hüseyin Aydın, Muhammed Sait Kuloğlu, Muhterem Tanık, Murat Aksoy, Mustafa Erkan Acar, Mutlu Çölgeçen, Oğuz Usluer, Seyid Kılıç, Ufuk Şanlı, Ünal Tanık, Yakup Çetin ve Yetkin Yıldız’ın örgüt üyeliği suçundan 10 yıla kadar hapisleri istendi.
Hayali örgüt
İddianamenin "17 Aralık Süreci öncesi Örgütün Medyadaki Algı Faaliyetleri" başlıklı kısmında, Ergenekon'un 'FETÖ' tarafından kurgulanan hayali bir örgüt olarak ortaya atıldığı öne sürüldü. Bu hayali örgüt ile ilgili basın yayın üzerinden iyi kurgulanmış metinlerin defalarca tekrar edildiği, sosyal medyada böyle bir örgüt varmış gibi paylaşımlar yapıldığı aktarılarak, örgüte yakın köşe yazarlarının da paralel yazılar yazmaya başladığı savunuldu. Toplumda uyanan tehlikeli bir örgüt algısı üzerine Ergenekon soruşturmalarına toplumsal destek sağlandığı ve hedefteki kişilere karşı yapılan operasyonlara tepkiselliğin engellendiği ifade edildi.
Ahmet Şık atfı
İddianamede, 19 Ocak 2011'de Zaman gazetesinin Soner Yalçın'ın gözaltına alınmasını işleyerek ABD Büyükelçisine atfen '"Ergenekon Dünyanın Neresinde Olsa Yargılanır" haberini yaptığı aktarılarak şu tespitlere yer verildi:
"06 Mart 2011 Tarihinde ise "Oda TV deki belgelerden kaos takdikleri çıktı. Bu mu gazetecilik?" başlığı ile haber yapılmıştır. (Oysa 2011 yılında yapılan ODA TV soruşturması kapsamında Soner YALÇIN, Barış PEHLİVAN ve Barış TERKOĞLU adlı kişilere ve Ergenekon soruşturması kapsamında Ahmet ŞIK ve Nedim ŞENER (Fetullah GÜLEN Yapılanması hakkında “İmamın Ordusu” isimli kitap yazarak örgütün faaliyetlerini deşifre etmeye çalışan)adlı kişilere uygulanan yakalama-gözaltı işlemleri ve soruşturma süreçleri irdelendiğinde ise; FETÖ/PDY’nin kamu kurumları içerisindeki üyelerinin kendisine muhalif olarak gördükleri medyayı etkisiz hale getirmek amacıyla harekete geçtikleri, Zaman Gazetesi’nde de buna paralel olarak, adı geçen kişilerin basın faaliyetlerinden değil de örgütsel faaliyetler çerçevesindeki eylemlerinden dolayı yakalanarak tutuklandıklarına dair haberlerin yapıldığı anlaşılmaktadır."
